Los orígenes de Aldehuela parecen bastante tardíos, ya que no figura en la relación de aldeas de 1.353 que recoge Toribio Minguella en su “Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos”.

De todas formas surgiría al abrigo de una torre vigía o castillo, que se situase en el lugar. De esta toponimia todavía perdura el nombre del altozano situado al noreste del pueblo y en que hay edificadas varias casas y un palomar derruido, al que llaman “El Castillo”. 

Son escasísimas las noticias documentales que de este lugar disponemos.

Según recoge Diego Sanz en su obra “El Señorío de Molina” en el siglo XV Aldehuela disponía de un Concejo bien organizado, adquiriendo por aquel entonces la aldea una dehesa la cual “ha sido guardada e vedada de tanto tiempo acá que memoria de hombres no ay en contrario”.

Según Francisco Núñez en su “Archivo de las cosas notables de esta leal villa de Molina”, la parroquia de Aldehuela era aneja de la de San Gil de Molina.

Siempre fue lugar de realengo y como tal perteneciente al Señorío de Molina e integrado en su Común de Tierra, donde participaba en sus Juntas Generales, ocupando el decimocuarto asiento de los correspondientes a la Sexma del Pedregal.

Hasta 1.842 se mantuvo como municipio independiente, agregándose en este año a Prados Redondos, de donde figura en la actualidad como pedanía