El nombre del pueblo parece denotar ascendencia vasca, y significaría "arriba"

Esta toponimia estaría explicada si se tiene en cuenta una vieja tradición popular, según la cual se dice que el pueblo fue fundado por pastores vascos, que llegaron para repoblar las tierras del Señorío de Molina al llamado foral de sus señores.

Lo que sí parece seguro es que a finales del siglo XV o principios del XVI fue repoblado el lugar, ya que así lo recoge Francisco Núñez en su “Archivo de las cosas notables de esta leal villa de Molina” publicado en 1.595 “ay aquí zerca otro lugar nuevo que en lo antiguo sólo era una dehesa y según algunos puede auer 100 años que comenzó a tener casas, llamábase este pueblo Amayas y es lugar de zerca de 30 vezinos  muy abundante de toda caza”.

Lo que si es segura es su existencia a mediados del siglo XIV, ya que según Toribio Minguella en su "Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos" que recoge el censo de todas las parroquias de la diócesis que se realiza en 1353, Amayas formaba junto con Labros una única feligresía servida por un beneficio con una renta anual de 400 maravedís: "enlas eglesias de labros e de amayas ay un beneficio curado que vale de renta cada año 400 mrs."

De las poco documentada que esta la historia de Amayas da una idea la "Chorográfica descripción del muy noble, leal, fidelissimo y valerosissimo Señorío de Molina" que a finales del siglo XVIII escribe Gregorio Lopez la Torre y Malo, donde únicamente dice que "es lugar poco conocido en lo antiguo".

Desde el siglo XV gran parte de sus tierras fueron propiedad de los Mendoza de Molina, marqueses de Mochales y Villel.

Independientemente de lo anterior, siempre fue de realengo y perteneció al Señorío de Molina, estando incluido en la Sexma del Campo, ocupando sus representantes el asiento decimoséptimo del banco correspondiente a la misma en las Juntas Generales del Común de Tierra de Molina.

En el siglo XIX se constituyó en municipio con Ayuntamiento propio, permaneciendo en esta situación hasta 1970 en que se agregó a Tartanedo, de donde depende actualmente como pedanía.

Dentro de su término se encuentran los despoblados medievales de “Casares”, a 2.800 m al oeste del pueblo, y de “Villarejos” a 2.400 m. también al oeste.