El apelativo “del Ducado” le viene dado por su pertenencia durante la Edad Media al Ducado de Medinaceli.

Los orígenes del pueblo parecen remontarse al siglo XII, como consecuencia de la repoblación de la zona tras su reconquista a los árabes.

Desde este momento pasó a formar parte del alfoz o Común de Villa y Tierra de Medinaceli, aunque existieron serias diferencias con los Señores de Molina de Aragón sobre la inclusión del lugar en sus dominios, argumentando derechos de conquista.

Como consecuencia de lo anterior Anquela estuvo periódicamente formando parte de uno u otro Señorío, hasta el siglo XV en que definitivamente queda incluido en el dominio de los Duques de Medinaceli, conformando el límite fronterizo entre este Señorío y el molinés.

En el siglo XIII, y coincidiendo con una época de dominio de los Señores de Molina sobre el territorio, doña Sancha Gómez, esposa del señor molinés Fernando Pérez de Lara, fundadora de la comunidad de monjas bernardas de Buenafuente del Sistal, dona a este cenobio las salinas y heredades que poseía en Anquela.

Toribio Minguella en su "Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos" recoge el censo que en 1353 se realiza de todas las parroquias de la Diócesis, y en el que figura Anquela del Ducado (Anquella) formando una feligresía única, perteneciente al Arciprestazgo de Medinaceli, junto con Ciruelos del Pinar, con un beneficio que renta anualmente la cantidad de 300 maravedís: "enlas eglesias de ciruelos e anquella ay un beneficio curado e vale de renta 300 mrs."

La dehesa de "La Avellaneda", situada en su término, fue coto redondo y cedido por los Señores de Molina al obispado de Sigüenza.

Según consta en el epitafio de su sepultura, Don Pedro de Sencate, obispo de Sigüenza, dió al Cabildo la mitad del Pontifical de Molina y la mitad de la heredad de La Avellaneda.

En su término se encuentran dos despoblados medievales: el de "Los Casares", situado 1500 metros al noreste del pueblo, en la misma divisoria con el término de Selas, a la derecha de la carretera de Anquela a Turmiel, en el arranque del camino que lleva a la casa de la Avellaneda. El otro, se conoce con el nombre de "Manicubo" y se encuentra a 1800 metros al norte, en dirección a Tobillos, entre el río Mazarete y la carretera que pasa junto a él, a mitad de camino entre la carretera de Turmiel y la de Alcolea del Pinar.