Nada sabemos sobre el posible origen de la etimología del nombre del pueblo. Lo que si conocemos es que hasta principios del siglo XX se le conoció como Anquela La Seca debido al poco flujo de agua que aportaba el manantial que situado en el núcleo urbano abastecía a la población.

En el primer cuarto del siglo XX, se tomó el agua de boca del manantial de la “Fuente Mediana”, situado cerca del límite con Tordellego, y como consecuencia de la nueva llegada de aguas se inauguró la fuente pública en 1926.

Tampoco existen noticias documentales sobre sus orígenes, aunque es de suponer que al igual que la mayoría de pueblos de la zona sea producto de la época de la repoblación que en el territorio se produjo tras su reconquista en el primer cuarto del siglo XII por el rey aragonés Alfonso I el Batallador y su posterior entrega como Señorío independiente al conde D. Manrique de Lara, quien le dotó de fuero propio, lo que favoreció una rápida afluencia de nuevos habitantes.

La primera noticia documental referente a Anquela la encontramos en la enajenación que al pasar el Señorío molinés a poder del rey castellano Sancho IV el Bravo, tras la muerte de su última señora independiente Doña Blanca de Molina, aquél realizó de algunas de sus propiedades.

Francisco Núñez recoge en su obra “Archivo de las cosas notables de esta leal villa de Molina” escrita en el  siglo XVI, que “En Anquela la Seca dio el rey D. Sancho el Bravo su solar con casa fuerte y seis yuntas de heredad y las Nabas, que eran antes un bosque, a un tal Garzi Jil de quien vienen los Vigiles de Quiñones”. Según Claro Abánades la carta donde se otorga esta concesión fue firmada en 1295 y su original se conserva en poder de la familia de los Quiñones de Molina.

Las Navas, a que se hace referencia en el texto anterior, es un paraje situado en el término de Anquela, que fue bosque real de caza del infante castellano D. Alfonso el Niño, hijo de Alfonso X el Sabio.

Toribio Minguella en su “Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos”, recoge el censo que de todas las parroquias de la diócesis se realiza en 1353, y según el cual la parroquia de Anquela poseía dos beneficios que sumaban unas rentas anuales de 400 maravedís: "enla eglesia de anquela la seca ay dos beneficios vale el uno conla cura 200 mrs. e el otro beneficio del absente 200 mrs. son de todos cccc mrs."

En su libro “El Partido de Molina y sus advocaciones” José Sanz y Sanz dice que el 15 de diciembre de 1835, en plena Guerra Carlista,  el General Cabrera estableció en el lugar un hospitalillo para sus tropas, rehaciendo en este período de tiempo su ejército.

En el siglo XIX una compañía francesa se dedicó a la explotación de una cantera de piedra litográfica que se ubica a unos 800 metros del casco urbano, entre los parajes de Carrecheca y la Escampiada, en un lugar denominado “La Cantera”. De esta cantera existe una piedra en el Museo del Louvre de París (Enciclopedia Espasa). De piedra extraída de esta cantera están hechas algunas de las lápidas que del siglo XIX subsisten en el Cementerio viejo del pueblo.

También en el siglo XIX una buena parte de los vecinos de Anquela compran en comunidad a la familia de los Cisneros la finca de monte denominada “La Matazuela” situada junto a los lindes con Piqueras, Traid y Otilla. Mediante esta adquisición los nuevos propietarios explotaron los recursos naturales que la finca poseía: pastos para el ganado y extracción de carbón vegetal de la corteza de las encinas.

Como lugar de realengo desde sus orígenes, Anquela del Pedregal ha participado siempre en las Juntas Generales de la Comunidad de Tierra de Molina, donde sus representantes ocupaban el cuarto asiento del banco correspondiente a la Sexma del Pedregal.

En la actualidad Anquela es cabecera de la Sexma, y en su Casa del Lugar se realizan las elecciones de sus apoderados, aunque en el pasado las asambleas se celebraban en el paraje de La Malva, situado al norte del término municipal.

Dentro de su término se encuentran el despoblado medieval de “Los Villares” a unos 2.400 metros al Oeste del pueblo, donde salen “majanos” al arar profundo.