Existen dos teorías sobre la etimología del nombre del lugar.

La primera, hace derivar el nombre de Alaguncillo de unas lagunas que había próximas al pueblo, y de esta acepción se habría llegado al actual nombre de Alagoncillo.

Esta hipótesis la expone Francisco Núñez a finales del siglo XVI en su obra “Archivo de las cosas notables de esta leal villa de Molina” cuando dice que el nombre del pueblo procede de “ Zerca de aquí ay un Pueblo que tampoco se alla en escripturas antiguas llamado Aragonzillo y dizen los naturales de el que antes se llamaba Alagonzillo corrupto el vocablo de Al lagonzillo porque dizen que zerca de este Pueblo se hazian unos lagunazos y aun aora los ay aunque antes era mucha la copia de agua que alli auia y dizen por tradizion antigua que el agua que aquí manaba rompio venero por debajo la tierra y fue a salir a la fuente Catoba de la Dehessa de Arandilla y a otras fuentes que alli manan y tiene algun fundamento porque un abismo o sima que alli se haze que se sorbe las aguas de las abenidas, o turbiones que por alli vienen ba a salir a las fuentes de Arandilla y asi sea probado echando paja en el agua y viéndole salir por aquellas fuentes. De este prinzipio la gente simple dize que los moros de aquellos tiempos con sus encantamientos mudaron aquellas fuentes y las pasaron a Arandilla pues a estas lagunas de aguas llamaban lagunzillo y quando embiaban a brebar los ganados los embiaban al lagunzillo de donde el Pueblo se vino a llamar Allagunzillo y de alli se corrompio el nombre y se llamo al lagunzillo y de aquí corrompiéndolo mas llaman Aragonzillo ”.

La segunda teoría hace referencia a la procedencia del nombre, tanto en su versión medieval (Alagoncillo) como moderna (Aragoncillo) a un posible origen aragonés de sus primeros pobladores, que le darían este nombre en recuerdo de su tierra de origen.

Sobre estos inicios repobladores de Aragoncillo, al igual que de la mayoría de pueblos del Señorío, no disponemos de ninguna noticia documental.

Es casi seguro que su fundación se sitúe en el siglo XII, durante la época de la repoblación de la zona que se produce tras su reconquista por el rey aragonés Alfonso I, y su posterior entrega al Conde Don Manrique de Lara como Señorío independiente, quien lo dota de Fuero propio, lo que propicia la llegada de nuevos habitantes.

La primera noticia documentada sobre el lugar que figura con el nombre de “Alagoncienllo” la encontramos en la revisión de las mojoneras que de la heredad de Arandilla efectúan en 1169 el conde Pedro y el abad Martín del Monasterio de Huerta: “ex parte de Selas sicuti sunt las angusturas in illas pennas; ex parte de Alagoncienllo sicuti sunt las cuotas lauradas; ex parte de illo pinar asi comodo la coua de la Ferreira”.

Toribio Minguella en su obra “Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos” recoge el censo que, en el año 1353, se realiza de todas las parroquias pertenecientes a la Diócesis, y en el que figura Aragoncillo formando una feligresía única junto con Selas, con dos beneficios que rentan anualmente la cantidad de 350 maravedís: “enlas eglesias de sellas e de alagonciello ay dos beneficios lieva el cura la tercia parte que vale de renta cada año 150 mrs e el otro beneficio del absente lieva las dos partes e vale cada año de renta 200 mrs son CCCL mrs”.

Parece ser que en 1570 Don Juan de la Cerda, duque de Medinaceli, intentó la enajenación del realengo y por lo tanto su consiguiente separación del Señorío molinés, de Aragoncillo, junto con Selas, Anchuela del Campo y Concha, desestimando finalmente mediante sentencia el Consejo de Castilla esta pretensión.

Gregorio López de la Torre y Malo en su "Chorografica descripcion del muy noble, leal, fidelissimo y valerosissimo Señorio de Molina" escrita a finales del siglo XVIII dice que "Aragoncillo, diminutivo de Aragón, en fu termino efta e, defpoblado de Villa el Cuende, y las Minas de Almagre"

Durante la Guerra de la Independencia, el 13 de febrero de 1809 tuvo lugar en el Barranco de la Saetera, sito en el término municipal de Aragoncillo, una batalla en la que salieron derrotadas las tropas francesas.

Aragoncillo ha tenido siempre la consideración de lugar de realengo, y como tal ha pertenecido desde sus orígenes a la Comunidad de Tierra de Molina, en cuyas Juntas Generales han participado sus representantes ocupando el cuarto asiento de los correspondientes a la Sexma del Sabinar, a la cual pertenece.

En el siglo XIX se constituyó en municipio independiente con Ayuntamiento propio, situación en la que permaneció hasta el año 1975 en que se anexionó a Corduente, de donde figura en la actualidad como pedanía.

Dentro de su término se encuentran dos despoblados medievales:

“Castilblanco”, situado 2500 metros al Norte/Noreste del pueblo, unos 600 metros al sur de la divisoria con el término de Establés. Actualmente  no se conservan restos de edificaciones, aunque si se recuerda la existencia de un castillo y casas en el lugar.

“Álcalis”, a 3300 metros al Noreste/Este del casco urbano, 200 metros al norte del sendero que de Aragoncillo conduce a Tartanedo, a unos 800 metros al oeste de la divisoria con Canales de Molina. En este despoblado, del que actualmente apenas si queda algún resto en lo que los vecinos conocen como la “dehesa de las monjas”, estuvo ubicado el Monasterio de Santa María de Alcallech, cuya historia se trata en capítulo aparte.