Escasas son las noticias documentales que sobre Balbacil poseemos.

A la etimología del nombre se le atribuye origen árabe, y provendría de “Fahs al-Basil” que viene a significar “Campo de la cebolla”. Es una interpretación un tanto extraña ya que no se sabe a que podría hacer referencia esta denominación.

Si que parece casi seguro que su origen sea  de la época de dominación musulmana de la zona.

En el siglo XII fue reconquistada la zona por el rey de Aragón Alfonso I el Batallador, pasando Balbacil a pertenecer en un principio al Señorío molinés, época en la que se produciría su repoblación.

Casi inmediatamente fue adscrito al Alfoz o Comunidad de Villa y Tierra de Medinaceli, donde permaneció hasta el siglo XV, en que pasó a depender de la familia de los de La Cerda, duques de Medinaceli, a quienes les concedió el título y el territorio del Alfoz soriano el rey Enrique II.

Toribio Minguella en su "Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos" recoge el censo que en 1353 se realiza de todas las parroquias de la Diócesis, y según el cual Balbacil forma junto con Clares una feligresía única dependiente del Arciprestazgo de Medinaceli y servida por dos beneficios con una renta anual de 750 maravedís: "enlas eglesias de balbacil e de clares son dos beneficios el uno es curado vale de renta 450 mrs. et el otro beneficio del absente riende 300 mrs."

Permaneció en esta situación hasta principios del siglo XIX, concretamente hasta 1812, constituyéndose entonces en municipio independiente con Ayuntamiento propio.

En 1833, y como consecuencia de la nueva división territorial del Estado español, parte de las tierras pertenecientes al antiguo Ducado de Medinaceli son adscritas al partido judicial de Molina de Aragón, entre ellas el municipio de Balbacil.

En 1970 pasa a depender administrativamente de Maranchón, de donde figura en la actualidad como pedanía.

Muy cercano al casco urbano existe todavía en pie sobre un pequeño cerro lo que sería una torre vigía posiblemente obra del siglo XII puesta allí al ser lugar fronterizo con el contiguo Señorío molinés.