Escasísimas son las noticias documentales que disponemos sobre Baños del Tajo.

Lo que si parece probable es que sea producto de la repoblación que en las tierras molinés se produjo tras su reconquista y posterior concesión de las mismas a D. Manrique de Lara, quien doto al Señorío de fuero propio, aunque Gregorio López de la Torre y Malo en su "Chorográfica descripción del muy noble, leal, fidelíssimo y valerosíssimo Señorío de Molina" dice que "Baños en lugar moderno", aunque no da ningún detalle que justifique esta afirmación.

Queda documentado, y así lo recoge Toribio Minguella en su obra “Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos”, que en el censo que se realiza de todas las iglesias de la diócesis en 1.353 Baños, Escalera y Fuembellida formaban una feligresía única, servida por dos beneficiados, con una renta anual que ascendía a  600 maravedís: " enlas eglesias de banos e de escaleras e de fuent velida ay dos beneficios e el clerigo conla cura líeva la tercia parte e vale cada año de renta 250 mrs. e el otro beneficio del absente lieva las dos partes e vale de renta 350 mrs. son de todos dc. mrs."

Hasta el siglo XIX se denominaba simplemente Baños, siendo en este siglo cuando se le añade el apelativo “del Tajo”

Siempre fue de realengo y perteneciente al Señorío de Molina, estando incluido en la Sexma del Sabinar, ocupando sus representantes el asiento duodécimo del banco correspondiente a la misma en las Juntas Generales del Común de Tierra de Molina.

En el paraje conocido como “La Marrera” existen antiguas excavaciones de minas de hierro