El monasterio de la Buenafuente es el único cenobio cisterciense que actualmente queda en la provincia de Guadalajara.

Es fundación de finales del siglo XII como consecuencia de la repoblación que se realiza de los territorios reconquistados, y que no solamente afecta a núcleos de población civil, sino a asentamientos militares y eclesiásticos, estos dos últimos sobre todo en zonas fronterizas para consolidar su defensa.

Aunque algunos historiadores fechan su fundación en 1126, a primera fecha que se conoce documentalmente es la de 1177, en la que una comunidad de canónigos regulares de San Agustín se han asentado en Buenafuente, probablemente provenientes de Alcallech, en término de Aragoncillo, donde se les había concedido hacia 1136 por parte del prime conde molinés Don Manrique de Lara territorio para fundar un monasterio, y cuya propiedad todavía conservan, ya que en este año el rey Alfonso VIII, cuando se encontraba en el asedio de Cuenca, extendió un privilegio rodado por el que recibía bajo su amparo a los conventos de Alcallech y Buenafuente, y liberaba sus ganados del pago de impuestos.

El mismo monarca dona, pocos años después, a los monjes de ambos monasterios la heredad de Campillo situada en la orilla del Tajo, en el actual término municipal de Zaorejas, para que se construya allí un nuevo cenobio.

Dada su situación fronteriza entre el Señorío molinés y los alfoces de Cuenca y Medinaceli, los canónigos llegan a poseer propiedades en los tres territorio, entre ellas molinos y salinas en Anquela, heredades en Canales del ducado y el soto del Campillo, en la orilla del Tajo, que les es donado por el rey Alfonso VIII, según algunos historiadores por haber sido los propios monjes guerreros quienes reconquistaron este territorio. A todo ello hay que añadir la donación en 1187 de Gudes en término de Prados Redondos.

En 1219 el monasterio deja de pertenecer a la jurisdicción de Molina, aunque sus señores mantienen el condominio con los monjes.

En 1226 Don Gonzalo Pérez de Lara, señor de Molina, y su esposa Doña Sancha Gómez, ceden al monasterio una heredad entre los términos de Anquela y Selas.

En la primera mitad del siglo XIII, concretamente en 1232, es comprado por el obispo de Toledo, Rodrigo Ximénez de Rad. Esta venta se debe probablemente a la desaparición de los canónigos regulares de San Agustín, ya que el último documento conservado que se refiere a ellos data de este mismo año, y en él solamente aparecen cuatro canónigos formando la comunidad.

En 1234 pasa a pertenecer al Cabildo toledano, y en 1242 el arzobispo lo cede a doña Berenguela, madre de Fernando III, con la condición de que promueva la ocupación del lugar con una comunidad de monjas, bajo la advocación de la Santísima Virgen.

Doña Berenguela le cede el cenobio a su hijo don Alfonso quien ostentaba el título de Señor de Molina, al haber contraído matrimonio con doña Mafalda, como consecuencia del acuerdo firmado entre el anterior señor molinés Don Gonzalo Pérez de Lara y el rey Fernando III denominado “la Concordia de Zafra”.

Apenas un año después, en 1243, Don Alfonso vende la propiedad a su suegra Doña Sancha Gómez por la cantidad de 4.000 marevedís alfonsíes, condicionando dicha venta, al igual que hiciese en arzobispo toledano a doña Berenguela, a la fundación de un monasterio de monjas bernardas en el lugar.

En 1246 la condesa doña Sancha Gómez, después de conseguir el visto bueno del obispado de Sigüenza, a cuya jurisdicción pertenecía el monasterio, lo dona al de Santa María de Huerta en Soria, con la ya redundante condición de que se asiente en el lugar una comunidad de monjas cistercienses, aunque se reserva de momento la administración de sus bienes materiales.

Es entonces cuando definitivamente llega al cenobio un grupo de monjas provenientes del Monasterio de Casbas en Huesca.

En 1293, Doña Blanca de Molina, última señora independiente de Molina deja en su testamento a Buenafuente la villa de Cobeta y la aldea de La Olmeda: “ otro si, que la mi Villa de Cobeta y el Olmeda aldea de la Villa de Molina con todas sus rentas y con pechos con entradas, con salidas, con vasallos, con montes, con aguas, con todas sus pertenencias al Monasterio de Buena Fuente do está enterrada mi Madre Doña Mafalda que los hayan para siempre jamás, e por su Señorío ”.

Esta es la única manda territorial que es respetada por el rey Sancho IV cuando toma posesión del Señorío de Molina a la muerte de doña Blanca, junto con su esposa Doña María.

Más tarde se uniría a estas dos localidades el lugar de El Villar, lo que desencadena un pleito con la Comunidad de Molina referente a si los vecinos de estos tres lugares, que en realidad son a todos los efectos aldeanos de Molina, han de contribuir con el tributo del pan de pecho al monasterio o a la Comunidad. En 1334 el pleito se resuelve a favor de las monjas de Buenafuente, por lo que la villa de Cobeta y las aldeas de Olmeda y El Villar dejan de pertenecer a la Comunidad de Tierra molinesa.

Más tarde estos tres lugares pasarán a poder de Iñigo López de Tobar.

Todo ello lo relata Francisco Núñez en su "Archivo de las Cosas Notables de esta Leal villa de Molina", escrito a finales del siglo XVI, donde dice: "La Donazion o manda que hizo la Infanta Dª Blanca a las Monjas de Buenafuente de Cobeta y la olmeda la confirmo después su hermana Dª María Alfonso Reyna de Castilla y muger del Rey de Castilla Dn Sancho el Vrabo era de 1332, añadiéndoles tambien el Villar; por entonzes solo gozaban las monjas deestos tres Pueblos para lo que era los pechos y derechos y otras rentas pero no se entiende que tubieren la Jurisdizion hasta después que trocaron las monjas estos Pueblos con Dn Iñigo Lopez de Tobar Señor de Berlanga y de Baydes que les dio por ellos la Villa de Ziruelos. Este Dn Iñigo fue hijo de Dn Fernan Sánchez de Tobar Almirante de Castilla y Señor de Berlanga y entre otras hazañas que hizo fue una que teniendo el Castillo de Calatraba por los Infantes de Aragon en las guerras que trayan con el Rey Dn Juan el Segundo se lo entrego al Rey el dicho Castillo por lo qual el Rey le hizo muchas merzedes y entre otras le confirmo la merzed de Cobeta, Olmeda y el Villar con plenaria jurisdizion como consta del Privilegio quele dio año de 1444".

En el siglo XV, concretamente en el año 1426, y debido a la situación política en que se ve inmerso el Monasterio de Santa María de Huerta del que dependía el de Buenafuente, el Papa desposee del cargo de abad de este cenobio a Juan de Huerta, que había sido nombrado por el conde de Medinaceli que se había atribuido esta potestad.

El abad se dirigió a Buenafuente, donde desalojó a la comunidad de monjas bernardas para aposentarse en el monasterio con algunos de sus seguidores.

La comunidad de monjas huye del monasterio y se instala en Alcallech donde permanecerán hasta 1455 en que se produce un intento de volver a su antigua residencia de Buenafuente por parte de las monjas dirigidas pro su abadesa Doña Endrequina Gómez de Mendoza. El intentó fracasó, ya que los monjes aposentados en él se negaron a abandonarlo, por lo que las monjas tuvieron que seguir en Alcallech.

Es finalmente en el año 1480 cuando con el apoyo del obispo de Sigüenza y por letras ejecutorias de Roma, consiguen las monjas recuperar su monasterio, abandonado definitivamente Alcallech.

Durante la segunda mitad del siglo XV y hasta 1580 parece ser que la comunidad bernarda de Buenafuente fue señora de Ciruelos, siendo vendido en este año al duque de Medinaceli, don Juan de la Cerda.

Gregorio López de la Torre y Malo, describe así la historia de Buenafuente en su "Chorografica descripción del muy noble, leal, fidelísissimo y valerosíssimo Señorío de Molina", escrita a mitad del siglo XVIII: "Buena-Fuente, celeberrimo Monafterio de religiofas de Cifter,m fundado el año de 1235, inftando el Infante D. Alonso, hermano de S. Fernando, Rey de Efpaña, Señor de Molina, por haver confeguido falud milagrofa bebiendo del agua que nace a los pies de un santifsimo Crifto que alli fe venera iluftre en milagros y devocion de eftos Pailes. Fue de Canonigos Regulares de San Aguftin, que del Monafterio del Bofque Bertaldo en la Diocefi Xantonenfe en Aquitania en Francia, el año de 1136 vinieron a fundar efte, el de Alcallech y el de Grudes, en donde florecieron en mucha fantidad, y convirtieron eftos Paifes recien ganados de los moros y fueron muy favorecidos de los Señores de Molina y Reyes de Caftilla, hafta que a inftancias de la Reyna Doña Berenguela, Madre del Infante Don Alonfo, para erigir el Monafterio de religiofas de Cifter, el Arzobifpo Don Rodrigo Ximenez, cuyo cuerpo fe regiftra incorrupto en el Moftario de Huerta, haviendo muerto el año de 1247 en 10 de junio, paffando por Francia con el prior del Bofque Bertaldo y religiofos configuio los tres monafterios y fus rentas por otras rentas que en Francia configno por el equivalente; y el Arzobifpo hizo cefsion a la Reyna Doña Berenguela, efta a fu hijo el Infante Don Alonfo, y efte a fu suegra Doña Sancha Gomez año de 1240, y fiempre para que fueffe de monjas de Cifter, y todas eftas tres donaciones confirmo el Rey Don Alonfo de Leon en Valladolid año de 1255. La Reyna doña Maria les concedio grandifsimos privilegios, afsi de exempciones como de haciendas y a fu inftancia de quince efcufados renteros y en todos los privilegios decia la Reyna al mio Monafterio de Buena-Fuente, y de el llevo fundadoras al Monafterio de las Huelgas de Valladolid que fundo de nuevo para religiofas de Cifter como Doña Maria Fernandez Valverde, con otras religiofas. En Buena-Fuente eftan fepultadas Doña Sancha Gomez, fu fundadora, que murio en 1266, Doña Mofalda, muger del Infante Don Alonfo, que murio en 22 de enero de 1248, y dicen que dicho infante D. Alonfo, aunque Rades en la Chronica de Calatrava, cap. 21, refiere murio en Calatrava y trae el epitafio: puede fer que fea tumulo honorario, que fe eftilaba en aquellos tiempos, por la devocion que tenian a los Santuario los que llamaban Cenataphios....con que folo fe averigua con certeza eftan en Buena-Fuente los cuerpos de Doña Mofalda y de Doña Sancha Gomez. Quando fe fundo traxeron religiofas del Monafterio de Casbas, en la Diocefis de Huefca".

Durante la Guerra de la Independencia las monjas tuvieron que huir del monasterio y refugiarse en unas cuevas cercanas junto al Tajo.

Hasta 1813, con el advenimiento del nuevo Régimen Liberal se desposee a las monjas el derecho que venían ostentando desde la Baja Edad Media, y durante todo el Antiguo Régimen, de recibir de la Comunidad de Tierra de Molina una parte del tributo del pan de pecho que aportaban los aldeanos.

En 1835, con motivo de la Desamortización de Mendizábal se les enajenaron todas sus tierras, casas, juros y derechos, no quedando en poder de la comunidad nada más que el edificio monástico y las pertenencias personales de las religiosas.

En 1971 se produjo una grave crisis que casi provoca el abandono del monasterio, ya que las pocas monjas que residían en el mismo eran de avanzada edad y no vieron otra solución que la venta de la propiedad y su integración en otras comunidades.

La llegada de Don Angel Moreno como capellán del cenobio, impulsó con sus ideas y decisión el renacimiento de la comunidad monástica que actualmente todavía sigue viva.