Tradicionalmente se viene afirmando que Canales es lugar moderno, situándose su fundación a finales del siglo XIV, sobre 1.400, cuando según varios estudiosos del Señorío se pobló con los vecinos provenientes de los despoblados de Castillos y Castillejos.

Esta teoría la recoge Francisco Núñez, a finales del siglo XVI, en su obra “Archivo de las cosas notables de esta leal villa de Molina”, donde dice que cerca de Canales existía un pueblo con castillo y que “ zerca de VillaCabras y mas zerca de Canales auia antiguamente un Pueblo puesto en un alto donde se muestran aun los zimientos de las casas y de un castillo que en aquellos tiempos deuia de ser grande y muy fuerte porque en sus fundamentos se been piedras de notable grandeza. No he podido aberiguar como se llamaba este Pueblo antiguo y conjecturo yo que quando se zeso se deuio de trasladar la gente al lugar de Canales por que tengo entendido que Canales no es pueblo muy antiguo, ni yo lo he allado en escripturas antiguas como Herreria y otros Pueblos de esta Sexma ”.

En el mismo sentido escribe Gregorio López de la Torre Malo a finales del siglo XVIII en su "Chorografica descripcion del muy noble, leal, fidelíssimo y valerosíssimo Señorío de Molina", donde dice que: "Canales es pueblo moderno, pues por los años de 1400 de las ruinas de las poblaciones de Caftillos y Caftillejos fe paffaron a efte lugar, por fer aquellos fitios muy afperos".

Sin embargo, teniendo en cuenta el censo  de parroquias que se realiza en 1.353, y que Toribio Minguella recoge en su “Historia de la diócesis de Sigüenza y sus obispos” Canales formaba junto a Herrería una única feligresía con tres beneficios que sumaban una renta anual de 400 maravedís: "enla eglesia de Ferreria e de canales ay tres beneficios el un beneficio conla cura lieva la tercia parte de renta 200 mrv. e los otros dos beneficios delos absentes vale cada uno cient mrs. sum. cccc. mrs."

Si nos atenemos a esta última reseña documental, más fiable que las anteriores, podemos deducir un poblamiento bastante anterior al fechado a finales del siglo XIV, casi probablemente a la par que el resto de aldeas y lugares del Señorío molinés, o sea, en el siglo XII durante el período de la repoblación posterior a la reconquista del territorio y su constitución en Señorío con fuero propio.

Dentro de su término se encuentra la llamada "Peña Escrita" o "Peña de los Moros", de la que Núñez da cuenta y hace una descripción de sus grabados y de las leyendas que han surgido sobre la misma: " En la dehessa de este Pueblo Canales ay unas peñas que llaman la peña escripta a donde ay unas piedras labradas aunque toscamente con aparienzia de grandes hombres o gigantes y ziertas letras o señales de las quales los naturales de esta tierra dizen diuersas cosas pero lo zierto que se tiene es que estas piedras fueron puestas zerca de los tiempos que los Reyes Catholicos Dn Fernando y Dª Isabel desterraron los moros de España, o en otros tiempos de moros antes que estos, que dejaron por alli zer sus thesoros y pusieron estas piedras por señales y muebome a dezir esto por auerlo oydo a algunos antiguos y tambien por auer oydo a un cauallero de esta tierra de Molina que sabia por zierto auer visto en los moros de Berberia deszendientes de los que fueron de esta tierra un libro de mas de 100 años atrás que afirmaba que junto a esta peña escripta a tantos pasos en frente del oriente cabasen y hallarían tales señas y después grandes riquezas ".

El mismo autor recoge un curioso acontecimiento ocurrido en el lugar: " Blas Sanz de Campillo Diputado del Comun hombre de toda fee y credito contaba por muy zierto que un abuelo suio que vibia en Canales embiaba algunos dias con un mozo suio una yegua suia a Herreria a que se tomase dita yegua del guarañon y el mozo dejandose venzer de su tentazion tubo accesso carnal en el camino con la yegua la qual a su tiempo vino a parir una niña y entre las pajas del establo la estaba lamiendo quando entro su amo y viendo en todo que era de figura humana sino es en la sarta del espinazo que tenia zerdas la hizo bautizar y criar y después la caso ".

Como lugar de realengo siempre perteneció al Común de Tierra de Molina, ocupando sus representantes en las Juntas Generales el tercer asiento de los correspondientes a la Sexma del Sabinar, a la cual pertenece.

En el siglo XIX se constituyó en municipio con Ayuntamiento propio, permaneciendo en esta situación hasta 1975 en que se agregó a Corduente, de donde figura en la actualidad como pedanía