El nombre del pueblo se deriva de la existencia de un castillo en lo alto del pueblo, en el barrio de la Iglesia y que en la actualidad se encuentra convertido en vivienda sin conservar ningún vestigio de su primitiva construcción. El apelativo “de la Muela” le viene dado por la situación del casco urbano en una muela o cerro por cuyas laderas se extiende.

Sus orígenes deben situarse en el siglo XII, después de la reconquista del territorio y su posterior conversión en Señorío concedido a D. Manrique de Lara, cuando se instalaron alrededor del castillo antes mencionado gentes venidas del norte de Castilla constituyendo el núcleo urbano actual.

En 1.292 Castellar es mencionado en el Testamento de Doña Blanca de Molina, concediendo el lugar al caballero Lorenzo Sáez: “mando a Lorenzo Sáez su Hermano a Castellar”.

Como la mayoría de las cesiones territoriales otorgadas por Doña Blanca, esta no llego a concretarse cuando el Señorío pasó a posesión de su hermana María de Molina y por ende de su marido el rey castellano Sancho IV.

Toribio Minguella en su “Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos”, recoge el censo que de todas las parroquias de la diócesis se realiza en 1.353, y según el cual la parroquia de Castellar rentaba anualmente 200 maravedís que disfrutaba el único beneficiado que poseía: "enla eglesia de Castellar ay un beneficio conla cura que vale de renta cada año 200 mrs. E otrosí enesta eglesia ay una tierra para aniversarios e elque la siembra da acomer a tres clerigos e dales sendos mrs. e non sobra nada"

Como lugar de realengo, Castellar perteneció desde sus orígenes a la Comunidad de Tierra de Molina, participando sus representantes en las Juntas Generales, donde ocupaban el séptimo asiento en el banco correspondiente a la Sexma del Pedregal, a la cual pertenece.

Francisco Núñez recoge en su obra escrita en el siglo XVI "Archivo de las cosas notables de esta leal villa de Molina", un capítulo sobre hechos y fenómenos extraños ocurridos en el Señorío molinés, haciendo referencia a dos casos ocurridos en Castellar, siendo particularmente curioso el segundo referido a cuatro mujeres que nacieron mudas: " zerca de los años de 1564 nacio en la hermita de nra Señora de la Carrasca junto a Castellar un cordero que tenia dos cuerpos yguales y de una mesma manera y tamaño con todos sus miembros distintos hasta los cuellos, pero los cuellos pegados a una sola cabeza y vibio este cordero algunos dias o meses y después siendo rezien muerto lo trajo Martin Vazquez Santero de la dita hermita aquí a Molina donde yo lo bi y tube en mis manos con grande admirazion de ber como de una mesma cabeza se repartia de una nuez dos gaznates y de una zepa salian dos cuellos diuidiendose los nerbios y huessos que según naturaleza debian ir juntos. Tambien se pueden tener por monstruosidad y fuera del orden de naturaleza lo que vehemos oy dia en el lugar de Castellar donde un hombre llamado Juan Sanchez ha tenido y tiene quatro hijas y todas mudas que por ser mugeres se deue tener a mayor maravilla ".

Dentro de su término municipal se encuentran tres despoblados medievales:

“San Cristóbal”, 1.400 metros al NO/O a la derecha, lindando con la carretera Nacional, junto al punto kilométrico 206,180. En el paraje denominado los Majanos se levantó una ermita dedicada a San Cristóbal. En el lugar han aparecido restos de edificios en forma de piedras labradas, paredes de la iglesia o ermita y el cementerio.

“Valdomingo”, 2.000 metros al Norte del pueblo, lindando con el camino que conduce al cerrillo de los Molinos, unos 300 metros antes de llegar al mismo.

“Los Villares”, 2.000 metros al Este, en torno a la actual ermita de la Virgen de la Carrasca, que bien pudo ser la iglesia de este caserío.

Además de estos tres lugares, y posiblemente refiriéndose a este último lugar de Los Villares, Diego Sanz recoge en su libro “El Señorío de Molina”  la existencia de un posible poblamiento en la Dehesa de Alcalá, del que todavía en el siglo XVII se podían ver ruinas y del que fueron dueños la familia de los Malo de Hombrados según Sánchez Portocarreño en su obra de 1556 “Historia del Noble y muy Leal Señorío de Molina"