El nombre del caserío se debe, según Pascual Madoz, a la existencia en sus proximidades de un castillo, del que en la actualidad no queda ningún vestigio.

La misma etimología le atribuye Gregorio Lopez de la Torre Malo en su "Chorografica descripción del muy noble, leal, fidelíssimo y valerosíssimo Señorío de Molina" cuando dice que: "Caftillote, fu nombre de Caftillo, tiene una fuente de admirable agua".

La fundación del lugar se remontaría a la época de la repoblación, en la primera mitad del siglo XII, cuando tras la reconquista de la zona le fue dado el territorio a D. Manrique de Lara, quien la convirtió en Señorío con fuero propio, lo que propició una mayor afluencia de nuevos habitantes.

Al parecer existía una casa perteneciente a los Marqueses de Embid.

Toribio Minguella en su obra “Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos” recoge el censo de todas las parroquias de la diócesis que se realiza en 1.353, y según el cual Castellote formaba junto con Valsalobre una única feligresía que poseía un beneficio con una renta de 100 maravedís anuales: "enlas eglesias de balsalbore e de castellote ay un beneficio conla cura e vale de renta cada año cient mrs."

Fue posesión del doctor Don Jerónimo de Toledo, dividiéndose a su muerte el término entre sus cinco hijos.

En su condición de caserío escasamente poblado nunca tuvo representación en las Juntas Generales de la Comunidad de Tierra de Molina.

En 1863 pasó a depender administrativamente de Corduente, en cuya situación continúa en la actualidad.

En los albores de este siglo XXI, solamente una familia reside en el caserío y no de forma totalmente permanente.