El lugar de Cillas parece con toda probabilidad producto de la  repoblación que del territorio molinés se llevo a cabo a principios del siglo XII a través del llamado foral de Don Manrique de Lara.

Son prácticamente nulas las noticias históricas que de este lugar se poseen.

Aparece citado en 1.292 en el testamento de Doña Blanca de Molina quien lo lega a Pedro Hernández: “mando a Pedro Hernández, hijo de Hernán Pérez a Cillas”. Como en el resto de las mandas territoriales de doña Blanca, esta no se llevo a efecto a su muerte, pasando con el resto del Señorío al rey castellano Sancho IV y a su esposa María de Molina, por lo que siguió siendo lugar de realengo.

Toribio Minguella en  su “Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos” recoge el censo de todas las parroquias de la Diócesis que se realiza en 1353, según el cual Cillas (Çielos) forma junto con Torrubia (torravia) una única feligresía servida por dos beneficios con una renta anual de 650 maravedís: "enlas eglesias de torravia e de Çielos ay dos beneficios e vale el beneficio conla cura 300 mrs. e vale el otro beneficio del absente cada año 350 mrs. su. dcl mrs."

Siempre fue de realengo y por lo tanto estuvo incluido desde sus comienzos en el Común de Tierra de Molina, en cuyos asuntos intervenía a través de sus representantes que ocupaban el asiento undécimo de la Sexma del Campo.

Constituía municipio con Ayuntamiento propio hasta 1970 en que se agregó a Rueda de la Sierra, de donde figura en la actualidad como pedanía.

Tras las reformas estatutarias del Común de Tierra, es cabecera de la Sexma del Campo.

Dentro de su término se encuentra el despoblado medieval de “Torremochuela”, a 4.700 m al norte del pueblo, a la altura del Km. 59 de la carretera de Molina a Calatayud, despoblado en 1.580, y del que resta su iglesia parroquial, hoy convertida en ermita, bajo la advocación de la Purísima Concepción, y en una de cuyas dependencias anexas se celebraban las Juntas de la Sexma del Campo, para deliberar y elegir a los diputados, sexmeros y demás cargos que representaban a sus pueblos.

De todo ello habla Gregorio López de la Torre Malo en su "Chorográfica descripción del muy noble, leal, fidelíssimo y valerosíssimo Señorio de Molina" escrito en el siglo XVIII, donde dice de Cillas que: "es lugar antiguo pues le mando la Infanta Doña Blanca en fu teftamento a Pedro Fernandez. Ha tenido Caftillo. En fu termino efta el admirable y antiquifsimo templo de nueftra Señora de la Concepción, que era la Iglefia Parroquial de un lugar llamado Torremochuela que fe defpoblo en el año de 1580. Es Santuario del que fe hace mencion en la Repoblación de Molina quando fe gano de los moros. El Padre Juan de Villafañe en fu libro añadido de las Imágenes de España pone fu Hiftoria. En efte lugar hay una cafa ilustre de los Martínez de la que fueron don Jofeph Martinez Malo, rector del Colegio de Santa Cruz y cathedratico de Valladolid y Canónigo Magiftral de León, celebérrimo theologo y efcriturario que murió en 1720. Don Jofeph Joaquin Martinez Malo, colegial de Santa Cruz de Valladolid y Oidor de Santa Fe en Indias que murió en 1741. Don Gregorio Martínez Malo, Capitán de Infantería que murió jóven peleando en Cilorico de la Veyra en Portugal en 1707 y fu hermano Don Alonso Martínez, Capitan de Cavallos Corazas, que murió muy jóven peleando con los cathalanes en Oliana en 1714 como confta de Memoriales imprefos de fus fervicios. De efte lugar fon los López, de los que fue Alcalde de Molina por la nobleza Juan López de Cillas año de 1410 y Fray Juan López Malo, Comendador de la Peraleda del Orden de Alcantara, que le mataron los moros en 1432".