Sobre el nombre del pueblo, sabemos que popularmente también se conoció como “Collabradas”, nombre que recoge Gregorio López de la Torre y Malo en su obra de 1746 “Chorográfica descripción del Muy Noble, Leal, Fidelísimo y Valerosísimo Señorío de Molina” que escribió en su casa del pueblo de Concha cuando dice que: " Collabradas es lo mifmo que Cuevas labradas ".

No se conoce con certeza la época de su fundación, pero sí que debió de ser bastante temprana, ya que Cuevas Labradas aparece citado en la revisión de las mojonerías de la heredad de Arandilla que el abad Martín de Huerta y el conde Pedro realizan en 1169. (Pedro Pérez Fuertes en “Molina: Reino Taifa, Condado, Real Señorío”)

Según recoge Diego Sanz en su obra “El Señorío de Molina”, en el siglo XIV su Concejo poseía una dehesa que aparece documentada en el “Libro de la Montería de Alfonso XI” de la que se dice: “que es buen monte de osso en yuierno et a las veces ay puerco en verano”.

Cuevas Labradas no aparece citado en el censo que se realiza en 1353 y que recoge todas las parroquias de la Diócesis de Sigüenza (Toribio Minguella en "Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos"), lo que daría a entender que alrededor de esta fecha el lugar sufrió una despoblación ocasional, al igual que su vecino Lebrancón que tampoco aparece citado en dicho censo.

El lugar ha sido desde antiguo famoso por la excelencia de la miel que produce. Ya en el siglo XVI Francisco Núñez  recoge en su “Archivo de las cosas notables de esta leal villa de Molina” que “Lebrancón y Cuevas Minadas son dos pueblos en esta sexma bien nombrados por la mucha y delicada miel que en ellos se coje que haze ventaja a la de los otros lugares”. También, y relacionado con este producto, Tirso de Molina nombra a Cuevas Minadas y hace mención de su miel en su obra “El Colmenero Divino”.

Igualmente el citado López de la Torre dice que " en fu termino hay excelente miel ".

Siempre fue de lugar de realengo y perteneciente al Señorío de Molina, estando incluido en la Sexma del Sabinar, ocupando sus representantes el octavo asiento del banco correspondiente a la misma en las Juntas Generales del Común de Tierra de Molina.

En el siglo XIX se constituyó en municipio con Ayuntamiento propio, agregándose en 1863 a Lebrancón, de donde se segregó, constituyéndose nuevamente en municipio independiente en 1924.

En 1970 pasa a depender administrativamente de Torete, y cuando en 1975 este último se agrega a Corduente, Cuevas Labradas se convierte en pedanía del mismo, quedando en esta situación hasta la actualidad.