No se conoce ninguna reseña documental sobre los orígenes o fundación del actual lugar de Piqueras, aunque como la mayoría de lugares de la zona, puede datarse en el siglo XII durante la época de la repoblación que siguió a la reconquista del territorio por el rey aragonés Alfonso I el Batallador y su posterior entrega como Señorío independiente al conde castellano Don Manrique de Lara, quien le dotó de Fuero propio, lo que propició una rápida llegada de nuevos pobladores.

Puede existir algún tipo de relación entre este Piqueras y su homónimo en Cuenca, Piqueras del Castillo, e incluso se baraja la posibilidad de que este último fuese fundado por oriundos del lugar molinés en el siglo XV.

Durante la guerra de los dos Pedros en el siglo XIV Piqueras, fue duramente castigado, tanto por aragoneses como por castellanos, quedando prácticamente despoblado.

Toribio Minguella en su libro "Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos" recoge el censo que se realiza de todas las parroquias de la diócesis en 1353, y según el cual Piqueras forma junto con el actual despoblado de Mortos (morcos) una única feligresía con dos beneficios que rentan anualmente 500 maravedís: "enlas eglesias de morcos e piqueras ay dos beneficios e vale el beneficio conla cura que lieva la tercia parte 200 mrs. e vale el beneficio del absente que lieva las dos partes 300 mrs. su. d. mrs."

Jerónimo Zurita, reseña en el Capítulo 34 del Libro XIX de sus “Anales de Aragón”  que en 1475 Piqueras, al que nombra "Porqueros", junto con Tordellego, Adobes y Setiles fueron saqueados por un grupo de sediciosos, formado por vizcaínos, navarros castellanos y aragoneses, que se habían apoderado del castillo de Pozuel: "Entonces dociento y cincuenta lacayos que andaban desmandados fueron por Ródenas a Ojos Negros y pasaron a Pozuel, estando la metad de la gente del lugar en el castillo y la otra fuera; y allí se alojaron. Desde aquel lugar pasaron a robar la frontera de Castilla y pusieron a saco cuatro lugares de tierra de Molina que eran Porqueros, Cordelladgo, Adubeo y Sertiles y volvieron con gran presa".

Francisco Núñez, en su “Archivo de las cosas notables de esta leal villa de Molina”, escrito en el siglo XVI, también recoge el mismo hecho " zerca del año de 1475 quando andaban las guerras de los Reyes Católicos D. Fernando y Dª Isabel con el Rey Dn Alonso de Portugal al que pretendia el Reyno por casar con la Beltraneja dize este Autor que 250 lacayos que andaban desmandados fueron por Rodenas a Ojos negros y pasaron a Pozuel y se recogio la mas de la gente al Castillo y ellos posaron en el Pueblo y que desde alli pasaron a robar en la frontera de Castilla y pusieron a saco quatro lugares de tierra de Molina que los llama este autor: Porqueros, Cordeladgo, Adobeo y Setiles y que volbieron a Pozuel con grande presa y a la buelta les cobraron la fortaleza. Estos lacayos dize que eran vizcaynos y navarros y algunos castellanos y aragoneses y su capitan era catalán y se llamaba Sembuy. venian con bosque y ban a seguir al Rey de Castilla y en efecto yban a robar los dela Comunidad de Daroca hizieron gente contra ellos hasta 400 de a pie y de a cauallo y D n Juan de Luna Diputado del Reyno fue tambien imbiado con gente para recobrar la fortaleza y castigar a aquellos ladrones. Rindieron luego la fortaleza y muchos castigaron como merezian, los lugares de tierra de Molina por falta de la emprenta o del original tienen corrompidos los nombre pero bien se echa deber que fueron Tordellego, Adobes y Setiles. Porqueros no puedo adiuinar que lugar fuese ". Como puede verse Núñez no llega a identificar Porqueros con Piqueras.

El mismo autor reseña que a finales del siglo XV, Hernando de Burgos reedificó, entre otras, la ermita de la Hoz y la ermita de San Antón del Pino de Piqueras, al parecer uno de los principales centros de peregrinación comarcal del pasado. Esta es la única referencia que tenemos de esta ermita de la que no ha llegado a nuestros días ni el lugar de su ubicación.

En el siglo XVIII, sobre el año 1732, adquiere el villerazgo a pesar de su reducido tamaño, población, y posiblemente limitación de recursos económicos para ello.

Sobre esta misma época aparece como propiedad del Conde de Cifuentes, aunque la dependencia de éste debió de ser muy breve, ya que en 1787 aparece nuevamente como villa de realengo.

En 1876, se efectuaron excavaciones en el paraje denominado “El Castillejo” encontrándose restos de enterramientos, así como de cerámica, materiales de hierro y diversas monedas, entre ellas una de época romana, lo que hace suponer la existencia en el lugar alguna colonia, o al menos una villa romana.

Como villa de realengo, sus representantes participaban en las Juntas Generales de la Comunidad de Tierra de Molina, donde ocupaban el décimo asiento de los destinados a la Sexma de la Sierra, a la cual pertenece.

Cerca del pueblo, se sitúan la arruinada ermita de los Santos Fabián y Sebastián, en cuyos alrededores se pueden ver las escasas ruinas del despoblado de Piqueruelas

Igualmente dentro de su término según Gonzalo Martínez Díaz en su obra “Las Comunidades de Villa y Tierra en la Extremadura Castellana”, aunque Diego Sanz lo sitúa en el de Anquela del Pedregal, se encuentra el despoblado de Mortos, a unos 5300 metros al Norte, justo en la divisoria territorial con este último.

Según el mismo Sanz Martínez en su obra “El Señorío de Molina”, Mortos fue durante siglos una granja perteneciente a la Comunidad de Tierra molinesas hasta el siglo XIX en que se produjo la desamortización de los bienes de la Comunidad. El mismo autor sitúa el lugar como parte del término municipal de Piqueras durante la Edad Media.

Finalmente reseñar la descripción que de Mortos realiza Francisco Núñez en su obra citada: " Tambien ay en esta Sexma entre Anquela que llaman la Seca y la hermita de Sn Antón del Pino dos Sitios de Pueblos con muchos zimientos de casas que en lo antiguo nose dize como se llamaban, aora les llaman los Mortos por que se despoblaron por mortandad. Unos dizen que por grande pestilenzia que en ellos suzedio; otros dizen que les infizionaron las fuentes echándoles veneno de manera que fenezieron todos los vezinos y se despoblaron. Es aora todo lo a ellos pertenezientes, asi tierras como pastos y dehessas del Común de tierra de Molina ".