Todo parece indicar que Rueda debió de constituirse en los momentos de la repoblación, a principios del siglo XII,  como un núcleo de población a los pies de un castillo que se levantaba en los riscos que dominan el casco urbano, y del que actualmente si apenas queda algún resto reconocible.

Toribio Minguella recoge en su "Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos" el censo que de todas las parroquias de la diócesis se realiza en 1353, y en la que figura Rueda cuya iglesia está servida por dos beneficios que rentan anualmente la suma de 200 maravedís: "enla eglesia de Rueda ay dos beneficios el uno conla cura vale de renta cada año cient mrs. e el otro beneficio del absente vale de renta cada año cient mrs. son cc mrs."

En torno a la mitad del siglo XV, el rey Enrique IV entregó el Señorío de Molina a su valido d. Beltrán de la Cueva, duque de Alburquerque.

Esta decisión real no fue admitida por el Común de Villa y Tierra de Molina, al considerarla contra Fuero, por lo que procedió a reclutar tropas para enfrentarse a su impuesto nuevo señor.

En 1.468, cerca del caserío de la “Torre de Miguel Bon”, en el paraje que desde entonces se conoce como “La Matanza”, las tropas comuneras de Molina se enfrentaron a las del señor de la Cueva, derrotándolas y consiguiendo con ello, que ante la agresiva actitud de los molineses el privado del Rey optara por renunciar al Señorío.

Francisco Núñez en su “Archivo de las cosas notables de esta leal villa de Molina” publicado en 1.595 dice sobre Rueda que: “poco tiempo ha era de muy poca vezindad que aun viben personas que dizen que lo alcanzaron con seis o siete casas y aora es uno de los buenos Pueblos del Campo. Solia tener en lo antiguo un Castillo muy fuerte aora solo ha quedado de el zimientos bien anchos ”. Esta reseña nos da idea de que no fue hasta avanzado el siglo XVI, Rueda debía de constituir simplemente una pequeña aldea surgida a los pies de su castillo.

Gregorio López la Torre Malo en su obra "Chorográfica descripción del muy noble, leal, fidelíssimo y valerosíssimo Señorío de Molina", escrita en el siglo XVIII describe Rueda "es lugar antiguo, tuvo caftillo, en el fe ven las ruinas de una cafa de los Malos que poffeyó Juan Ruiz Malo la que con la hacienda que alli tenían pofeen las religiofas de Santa Clara como primitiva dotación de la fundación de el Convento de Molina delde el año 1537".

Siempre fue lugar de realengo perteneciente al Señorío de Molina, por lo que participaba en los asuntos del Común de Tierra de Molina, a través de sus representantes en las Juntas Generales, que ocupaban el octavo asiento de la Sexma del Campo.

Dentro de su término se encuentran los despoblados medievales de “Lomamaría”, a 4.000 m. al NE del pueblo y lindando con el camino de Molina a Tortuera, “Los Villares”, a 1.800 m. al SE, en el cruce de los caminos de Molina a Tortuera y Rueda a Cubillejo del Sitio, al norte de dicho cruce, y “Los Majanos”, 3.000 m. al NO.

También se sitúa el llamado "Campo de la Matanza", lugar donde se libró una batalla en 1467 entre los molineses y las tropas del Duque de Alburquerque, a quien había entregado el Señorío el rey castellano.

Del lugar dice el citado Núñez: " zerca de este Pueblo en el Campo que llaman la Matanza de Rueda que esta entre este lugar y la torre de Miguel bon fue la famosa pelea que tubieron los de Molina contra las gentes del Duque de Alburquerque Dn Beltrán de la Cueba, que venian a tomar por fuerza de armas la posesion del Señorio de Molina y allaron tan valerosa resistenzia que quedaron muertos en el Campo y fueron presos quasi todos los estrangeros y por auer acontezido esto en termino de Rueda llaman comúnmente a esta pelea la Vatalla de Rueda y al Campo a donde acontezio le llaman la matanza de Rueda. Suzedio esto año de 1467 y por esso no se escribe en este lugar mas de que después aca se dize por zierto que poco ha abriendo en aquel campo unas zanjas unos vecinos de Rueda allaron en unos foxos muchos huessos de cauallos y grande copia de herraduras muy gastadas del tiempo y otros pedazos de corazas y de otros yerros de lanzas y de otras armas que es señal zierta de lo que alli paso y de las muchas gentes y cauallos que alli murieron ".

López la Torre Malo también habla del mismo: "Cerca de efte lugar [Rueda] en el Campo-Tajada, en la matanza fueron vencidas las gentes del Duque de Alburquerque nombrado señor de Molina en una batalla campal por los del Molina y el Señorío en el año de 1468".

NARCISO MARTÍNEZ-VALLEJO E IZQUIERDO

Miembro de una de las familias hidalgas que residían en Rueda, descendiente del bachiller D. Andrés Vallejo, cura de San Juan de la Plaza de Molina, además de Fiscal General del obispado de Sigüenza, quien fundó en la iglesia, en 1.525, una capilla dedicada a San Andrés apóstol y una capellanía, nació Narciso Martínez-Vallejo e Izquierdo en 1.831.

Estudió en el seminario de Sigüenza y se doctoró en Sagrada Teología en la Universidad de Toledo el año 1.866.

Fue canónigo de la catedral de Sigüenza y profesor en su Seminario Mayor.

Canónigo Magistral de la Catedral de Granada y obispo de Salamanca, en 1875 a propuesta del gobierno de Castelar es nombrado Diputado a Cortes  por el Señorío de Molina y senador por la provincia de Valladolid.

En 1.885, se crea la diócesis de Madrid-Alcalá, y es nombrado primer obispo de la misma.

El 18 de abril de 1.886, cuando subía las gradas de la iglesia de los Jerónimos de Madrid, fue asesinado por un cura anarquista apellidado Galeote y Cotilla, quien le disparó a quemarropa con un revolver, falleciendo dos días después.

Fue autor de numerosos escritos doctrinales y algún trabajo literario.

JUANZ RUIZ MALO

También natural de Rueda fue el caballero D. Juan Ruiz Malo, y sus sobrinos Pedro Malo de Heredia y Martín Malo, fundadores en el siglo XVI del convento de  Santa Clara en Molina.