Ninguna noticia nos ha llegado sobre la fundación de Terzaga. Es posible que, dada la existencia de salinas en su término hubiese poblamiento anterior al actual núcleo urbano.

El origen de este último si que se puede situar con casi toda seguridad en el siglo XII, durante la época de la repoblación que se produce en el territorio molinés tras su reconquista por el rey de Aragón Alfonso I el Batallador y posterior entrega al Conde Don Manrique de Lara, quien lo dota de Fuero propio, favoreciendo la llegada de nuevos pobladores.

La primera noticia documental sobre el lugar de Terzaga la encontramos en el testamento que Doña Blanca de Molina, última señora independiente del Señorío molinés, redacta en 1293, y en cuyas mandas deja Terzaga a Juan Fernández: “e mando a Juan Fernández, hijo de Pedro Fernández a Terzaga”.

Este deseo de Doña Blanca no llego a materializarse, al igual que la mayoría de las mandas territoriales de su testamento, cuando el Señorío pasó a manos de su hermana Doña María de Molina, y por ende al rey de Castilla Sancho IV.

Toribio Minguella recoge en su “Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos” el censo que se realiza de todas las parroquias de la Diócesis en el año 1353, y en el cual aparece Terzaga formando una feligresía única junto con Terzaguilla (terzaguiella) que posee dos beneficios con una renta anual de 550 maravedís: “en las eglesias de terzaga e terzaguiella ay dos beneficios e el un beneficio con la cura vale de renta cada año 250 mrs e el otro beneficio del absente vale de renta cada año 300 mrs su quinientos e cincuenta mrs.”

Francisco Núñez en su obra "Archivo de las cosas notables de esta leal villa de Molina" escrita en el siglo XVI, dice de Terzaga: " es de los Pueblos mas antiguos de esta Sexma, mandolo la Infanta Dª Blanca por su testamento aun Juan Fernández aunque esta ni otras mandas de lugares que hizo no se cumplieron como arriba queda dito. Solia tener este Pueblo en lo antiguo unas Salinas como tambien el lugar de Trayd que sobre ellas dejo situados la Infanta Dª Blanca Señora de Molina los zinco mil mrs que dejo de renta para sus diez capellanes. aora no ay tales Salinas ni se porque causa zesaron".

Durante el Antiguo Régimen, Terzaga fue uno de los lugares importantes dentro del Señorío molinés, debido a estar situado en el paso natural que desde Molina llevaba a la capital de la provincia de Cuenca.

Terzaga siempre tuvo la consideración de lugar de realengo, y como tal estuvo integrado desde sus inicios en el Común de Tierra de Molina, en cuyas Juntas Generales participaban sus representantes ocupando el octavo asiento de los correspondientes a la Sexma de la Sierra, a la cual pertenece.

En su término se encuentra el despoblado de Terzaguilla, cuyo asentamiento debió de ser posterior al de Terzaga, de ahí el tomar el diminutivo de éste como nombre.

Como nota curiosa, recoger la reseña que el citado Francisco Núñez hace en su obra de un hechicero llamado Pedro Pinilla, vecino de Terzaga: " Tambien he oydo contar de un Pedro Pinilla vecino de Terzaga que teniendo su ganado en extremo y teniendo grande nezesidad de partirlo de alla nunca pudo combenirse con el señor de los erbajes le diesse lizenzia para sacarlo y enojado con el erbajero dizen hizo zierto echizo con que aquella noche dio con el y su ganado en la muela de Utiel quees junto de Peralejos y zerca de su lugar dejando burlado al señor de la yerba, el qual hizo gran dilixenzia en saber por donde yba y nunca pudo allar rastro de el. Tambien se dize este Pedro Pinilla que estando en extremo su muger combido a un clerigo pariente suio que auia venido a Terzaga a ofizios y auiendo sacado a la mesa un gallo el Pedro Pinilla alla adonde estaba supo lo que hazia su muger y porque entendiese que no se le escondia nada aunque estaba tan lexos con sus echizos le hizo saltar al gallo y cantar en el mismo tajador y asi dijo luego la muger mi marido anda por aquí ".