Los orígenes fundacionales de esta villa hay que buscarlos, al igual que los de la mayoría de localidades de la zona, en el siglo XII, durante la época de la repoblación que sucedió a la reconquista del territorio por parte del rey aragonés Alfonso I el Batallador, y su posterior entrega como Señorío independiente al conde Don Manrique de Lara, que le dotó de Fuero propio, propiciando una rápida llegada de nuevos pobladores.

No se sabe cuando ni como, y más teniendo en cuenta su exigua población e importancia, adquirió el rango de villa.

Toribio Minguella en su “Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos”, recoge el censo de las parroquias de la diócesis que se realiza en 1353, y según el cual Torrecilla formaba junto con Torre (Torete) una única feligresía que poseía dos beneficios con una renta anual de 230 maravedís: "enlas eglesias de torre e de torrecilla ay dos beneficios vale el de un beneficio con la cura ciento e xxx mrs. e el otro beneficio del absente cient mrs. son ccxxx mrs."

Esta situación de dependencia de la parroquia de Torete, todavía se mantiene en el siglo XIX ya que así lo recoge Miñano en su  “Diccionario Geográfico-Estadístico” de 1826, cuando la cita como aneja de la de Torete.

En el siglo XV fue anexionada por la familia de los Tovar al Señorío de Cobeta.

Francisco Núñez, en su obra “Archivo de las cosas notables de esta leal villa de Molina” escrita en el siglo XVI dice hablando de Cobeta y su tierra que: “está aora vnida con él otra villeta aunque de poca vecindad que llaman Torrezilla del Pinar, tierra de mucha caza mayor y menor y como vosque de los señores de Cobeta; quándo y como se desmembró esta villa de Torrezilla de Molina no lo he podido aberiguar, mas de que ha muchos tiempos que se quenta en el Señorio de Cobeta”

Independientemente de lo anterior, siempre fue de realengo y perteneciendo al Señorío de Molina, estando incluido en la Sexma del Campo, ocupando sus representantes el asiento decimoséptimo del banco correspondiente a la misma en las Juntas Generales del Común de Tierra y Villa de Molina.

No se conoce de su pertenencia en nigún momento de su historia al Común de Tierra molinés.

En 1863 figuraba como aneja de Lebrancón, de donde dependía administrativamente.

Se despobló completamente en la década de 1970-80, y hoy en día es finca particular perteneciente al término municipal de Corduente.