El nombre de Torrecuadrada alude a la presencia en el lugar de un torreón o pequeño castillo que serviría como puesto de vigilancia y control de la entrada hacia Molina por este lugar.

Al amparo de esta fortificación se crearía en el siglo XII, durante el período de repoblación posterior a la reconquista del territorio, el núcleo poblacional del lugar.

Se cita en el Testamente de Doña Blanca de Molina, quien lo dona a Pero Pérez: “Mando a Pero Pérez, fijo de Mayor de Pérez, Torrecuadrada”

Como sucedió con la mayoría de mandas territoriales del testamento de Doña Blanca, una vez fallecida y pasado el Señorío a manos del rey Sancho IV de Castilla, ésta no se llevo a efecto, continuando Torrecuadrada como lugar de realengo.

Toribio Minguella, en su obra “Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos” recoge qel censo que en 1353 se realiza de todas las parroquias pertenecientes a la Diócesis, y según el cual la iglesia de Torrecuadrada (torrequadrada) constituye una feligresía única con dos beneficios que suman una renta anual de 380 maravedís: "en la eglesia de torrequadrada ay dos beneficios et val el beneficio con la cura 200 mrs. e el otro beneficio del absente val de renta cada año 180 mrs. su. ccclxxx mrs."

En su Chorográfica descripción del muy noble, leal, fidelíssimo y valerosíssimo Señorío de Molina", Gregorio López la Torre Malo dice de Torrecuadrada que: "En fu iglefia fe venera un Santifsimo Chrifto de mucha devoción".

Como lugar de realengo siempre perteneció al Señorío de Molina, participando sus representantes en las Juntas Generales del Común de la Tierra molinés, donde ocupaban el asiento undécimo del banco destinado a la Sexma del Pedregal, a la cual pertenece.