Hay quien atribuye origen árabe al nombre de Villanueva, entre ellos Sebastián de Miñano en su “Diccionario Geográfico-Estadístico” de 1826, por lo que de ser así ya existiría población musulmana en el lugar antes de la reconquista de la zona.

En el siglo XII se produce la citada reconquista de la zona, repoblándose el lugar con habitantes cristianos, y pasando a depender como lugar de realengo a la Comunidad de Villa y Tierra de Cuenca.

Permaneció bajo la jurisdicción del Común conquense hasta el siglo XV, concretamente hasta el año 1462, fecha en que el rey castellano Enrique IV cede el lugar con todos sus vasallos y términos a Don Lope Vázquez de Acuña.

En cuanto a su categoría de villa, no podemos concretar en que momento concreto ni debido a que condiciones históricas adquirió el villerazgo. Tampoco podemos determinar hasta cuando permaneció en poder de Vázquez de Acuña.

Perteneció a la provincia de Cuenca hasta 1833, año en que se reestructura la división territorial de España, dividiendo el territorio en 49 provincias con nuevos límites, pasando Villanueva de Alcorón a formar parte de la de Guadalajara, incluyéndose en la comarca de Molina de Aragón, aunque en lo judicial pertenezca al partido judicial de Cifuentes.

En el siglo XIX, y concretamente en 1849, todavía dependía eclesiásticamente del obispado de Cuenca, según Pascual Madoz en su “Diccionario Geográfico-Estadístico-Histórico”, no siendo hasta fechas recientes, cuando se reestructuran las diócesis eclesiásticas acomodándolas a los límites regionales y provinciales que Villanueva pasa a depender de la diócesis de Sigüenza-Guadalajara, y por ende del arciprestazgo de Molina.