Se barajan dos teorías sobre la etimología del nombre del pueblo.

La primera, que se corresponde con  la divisa que figura en el escudo de la villa “Iuncta Aragoniae”, hace referencia a su situación fronteriza con Aragón y significaría “villa junto a Aragón” o “donde se juntan Aragón y Castilla”.

La segunda, más incierta, habla de una posible reunión  o “junta” que celebraron en el lugar los reyes Alfonso X el Sabio de Castilla y Jaime I de Aragón. Si nos ceñimos a esta hipótesis, lógicamente, o el pueblo es de fundación más moderna que sus vecinos (primera mitad del siglo XIII), o antes de esta reunión se le conocía por otro nombre que se ha perdido.

El término de La Yunta estuvo ya poblado en tiempos celtíberos, como lo atestigua la necrópolis excavada junto a la ermita de San Roque, donde han aparecido restos funerarios en un “campo de urnas”.

Nada se conoce sobre los orígenes de la actual población pero, al igual que con la mayoría de pueblos del Señorío, podemos situar su fundación en el siglo XII, durante la época de repoblación que siguió a la reconquista de la zona por el rey aragonés Alfonso I y su posterior entrega como Señorío independiente al Conde Don Manrique de Lara, quien lo dota de fuero propio, circunstancia que favorece la llegada de nuevos habitantes.

No se sabe con exactitud cuando el lugar pasa a ser posesión de la Orden del Hospital de San Juan de Jerusalén, aunque se señala como posible que la donación la realizase el Conde Don Pedro Manrique. También es casi seguro que esta donación se hiciese inicialmente a la Orden del Temple, ya que son los templarios los que reciben mayor número de donaciones en los reinos hispánicos, siendo muy pocas las que directamente se relacionan con la Orden de San Juan. No sería hasta la disolución de la Orden por el Papa Clemente V a principios del siglo XIV cuando los bienes del Temple pasan al resto de Ordenes Militares, entre ellas la de los Hospitalarios o Sanjuanistas, a quienes pudiera haberles correspondido esta villa de La Yunta.

La primera noticia documental sobre la villa la encontramos en el testamento, que en el año 1293, redacta Doña Blanca, quinta señora de Molina, en cuyas mandas deja sus derechos sobre la Yunta a Sancho López los derechos que posee sobre la villa: “mando a Sancho López a Embid y el derecho que yo hé en la Yunta”.

De esta cesión se deduce que el pueblo ya no pertenece a la jurisdicción de Molina, ya que solamente se habla de ciertos “derechos” y no de la localidad en sí. Tampoco nos aclara a que Orden Militar pertenece en esos momentos, ya que no hace mención de quien pudiera ejercer su señorío.

Según Claro Abánades en su obra “Tierra Molinesa”, en La Yunta se entregó en 1296 a la infanta doña Isabel, hija de Doña María de Molina, que fue devuelta por el monarca aragonés al anularse el matrimonio entre ambos: “Hallándose Doña María de Molina en la capital del Señorío, con su hijo el rey niño Fernando IV, envió a unos comisionados para que en La Yunta recogiesen a su hija, la infanta Doña Isabel, que se había casado con el monarca aragonés siendo parientes los contrayentes, razón por la cual se anuló aquel matrimonio. Los emisarios aragoneses hicieron la entrega de la Infanta el 12 de febrero de 1296, y al día siguiente se hallaba en Molina con su madre”.

En lo eclesiástico, La Yunta no aparece en el censo que en el año 1353 se realiza de todas las parroquias pertenecientes a la Diócesis seguntina y que recoge Toribio Minguella en su obra “Historia de la Diócesis de Sigüenza y sus Obispos”, lo que ratifica su pertenencia en el siglo XIV al señorío de una Orden Militar, ya que las villas y lugares pertenecientes a éstas no dependían de los obispos de las diócesis correspondientes sino del comendador de la Orden.

En el siglo XVI La Yunta está adscrita a la encomienda de Peñalén. En el XVII la encontramos dependiendo de la de Poyos.

Al ser villa señorial dependiente de una Orden Militar, sus alcaldes eran nombrados por el comendador correspondiente, quien a su vez también ejercía la jurisdicción civil y criminal en lo secular. Esta dependencia señorial fue la causa de que La Yunta nunca haya figurado adscrita a la Comunidad de Tierra de Molina.

A pesar de su condición de villa señorial sus habitantes estaban obligados a cumplir ciertas obligaciones comunes a los pueblos del Señorío molinés, tal es el caso de las levas militares,

Precisamente como causa de una de estas levas, en 1558 los habitantes de La Yunta se revelaron contra el escribano que había acudido a la villa para notificarles la correspondiente orden, encerrándole en la cárcel. Según Claro Abánades en la obra anteriormente citada:  “Los molineses, ante esta afrenta, pues así la consideraron por haber sido enviado el escribano por el Corregidor, Licenciado Cervatos, a quien querían mucho, marcharon al pueblo con los Caballeros de Doña Blanca. Penetraron en él, se apoderaron de los edificios y rompiendo las puerta se la cárcel, sacaron de ella al escribano y detuvieron a las autoridades del pueblo, pagando algunos con su vida el delito que cometieron”.

Que en la villa seguía teniendo jurisdicción el poder real lo encontramos también en la circunstancia de que la Hacienda castellana elija a La Yunta como puerto seco o aduana, al menos desde el siglo XVI, dada su situación en uno de los caminos de entrada a Castilla desde Aragón a través de Daroca.

En cuanto a la jurisdicción eclesiástica esta estuvo siempre bajo el control de la Orden hasta bien entrado el siglo XIX, concretamente hasta el 22 de mayo de 1874, fecha en que pasa a integrarse en el Arciprestazgo de Molina perteneciente a la Diócesis de Sigüenza.

En el siglo XVII el párroco de la iglesia de la Yunta era “un freyle clérigo del Orden de San Juan” y en 1732  se dice que “ya en los tiempos presentes no conoze la justicia eclesiástica del obispo en causas ningunas en La Yunta”.

Francisco Núñez recoge en su obra "Archivo de las cosas notables de esta leal villa de Molina", escrita en el siglo XVI, una extensa reseña sobre La Yunta: " La Yunta es uno de los de mas vezindad y mas prinzipales Pueblos de esta Sexma. Es Villa y muy antigua y según yo entiendo antes que fuese de la encomienda de Peñalen de la orden de San Juan era sujeta a los Templarios porque los Comendadores de Sn Juan comenzaron zerca del año de 1308 quando el Papa Clemente quinto deeste nombre por delitos que se les probaron a los caualleros templarios los pribo de sus vienes y posesiones aplicándoles a los Caualleros de la orden de San Juan que entonzes se llamaban de Acre por auer sido alli el primer Combento de ellos y después se llamaron de Rodas por ser alli su prinzipal asiento y después de toda Rodas por los turcos se pasaron a Malta y asi se llaman Comendadores de Malta pues en este dito tiempo entre las otras posesiones que se dieron a los Comendadores de Sn Juan se dio al Comendador de Peñalen la villa de la Yunta y consta que antes de este tiempo ya la Yunta no era de los Señores de Molina aunque tenian en ella algun derecho porque en el testamento original de la Infanta Dª Blanca ultima Señora de Molina y de Messa antes que este Señorio entrase en la Corona Real de Castilla que año de 1292 sepone una Clausura del thenox siguiente: mando a Sancho Lopez a Embid y el dereyto que yo he en la Yunta de donde consta que no era entonzes de los Señores de Molina y auiendo sido después a pocos años de la encomienda de Sn Juan entiendese que fue primero de los templarios y de ellos la heredo la Encomienda; y asi el Comendador de Peñalen pone los Alcaldes y tiene la Jurisdizion Zivil y Criminal en lo Secular en la dita Villa; y aun en lo eclesiástico han pretendido intrometerse y conozen de los Clerigos y aun han intentado querer estorbar la Jurisdizion ordinaria del obispo aunque sin razon y sin efecto alguno porque el Obispo y el Vicario de Molina en su nombre y otros sus Juezes conozen de quales quiera causas eclesiásticas ziviles y criminales asi de los Clerigos como de los Legos y en esta posesion han estado siempre, solo el Prior es tenido por esemptto aunque cumple las Anunciatorias que manan del obispo y sus jueces pero en sus causas no conozen sino los Juezes de la Encomienda (aunque ya en los tiempos presentes no conoze la Justizia eclesiástica del obispo en causas ningunas en la Yunta) lleba el obispo de los diezmos de la Yunta su parte que es el terzio como en los otros lugres y asi ussa el Pontifical alli y siempre los Visitadores pretender visitar su Iglesia. En lo seglar puede en algunos casos aunque son pocos entrar alli la Justizia de Molina como es quando nombran soldados en tierra de Molina reparten tambien a la Yuntta y a el Corregidor mandamientos para los Alcaldes y Regidores y por no auer querido obedezer un Mandamiento de esta manera en tiempo del Lizdo Zerbatos del Castillo Corregidor en Molina el año de 1556 fue saqueada la Yunta por los de Molina que por mandato de este Corregidor auiendo tocado el arma fueron los del Cauildo de los Caualleros con sus armas y todo el Pueblo en esquadrones y zercaron la Yunta y echaron las puertas de la Iglesia en tierra por tener alli preso a Christobal Verde escribano y auerse echo alli fuertes los Alcaldes y sacaron al presso y llebaron los Alcaldes presos a Molina (Geronimo Avellaneda Manrrique trajo a esta Villa de Molina seis soldados de la Yunta el año de 1609 quando juntaba los 150 Infantes de quearriba se haze menzion y en tratando de la milizia se dira abajo. Y tiene esta Villa una torre fuerte y no he sauido aya tenido ni tenga otro castillo. Por la Yunta se escribe en los Anales de Zurita que hizieron mucho daño los de Molina en las fronteras de Aragon quemando a Fuset y a otros lugares de aquel Reyno en tiempo del Rey Dn Pedro el Cruel ".

Dentro de su término se encuentran dos despoblados medievales. El de “San Amando”, a 1300 metros al sur del casco urbano, en torno a la arruinada ermita de San Amancio, a la derecha de la carretera que desde Campillo se dirige a La Yunta.  El segundo despoblado “La Yuntilla” se ubica a 3200 metros al Norte/Noroeste del pueblo, en las proximidades de la ermita de San Roque. Se recuerda la existencia de un pueblo en el lugar, habiendo aparecido algunas cazuelas entre otros restos.