Zaorejas, como lugar de asentamiento puede remontarse a la época celtíbera, pasando posteriormente a convertirse en colonia romana, que sería de cierta importancia por los restos del cercano acueducto que han llegado hasta nuestros días.

Sebastián de Miñano en su “Diccionario Geográfico-Estadístico”, atribuye origen árabe al nombre de Zaorejas y dice que es una corrupción del término “oreja” ya que algunos creen que tiene forma de tal.

Tras la reconquista de la zona en el siglo XII, el rey castellano Alfonso VIII hacia el año 1177, el mismo año de la reconquista de la ciudad de Cuenca, donó a los canónigos regulares de San Agustín la heredad del Campillo, situada en la orilla izquierda del Tajo, para que establecieran en el lugar un monasterio para que, tal y como era costumbre en los reinos castellanos cuando reconquistaban amplias zonas, sirviese como foco que afianzase la repoblación de la zona. Apenas si pervivió esta fundación, quedando al parecer simplemente en un conato, ya que no se llegó ni a establecer ningún monasterio propiamente dicho.

Aunque no se cumplieron los propósitos del rey Alfonso, la heredad de Campillo permaneció durante años a los monjes cistercienses de Buenafuente del Sistal.

Zaorejas dependió desde su repoblación tras la reconquista a la jurisdicción del Común de Tierra y Villa de Cuenca.

No se sabe cuando ni en que condiciones adquirió la condición de villa.

Permaneció en esta situación hasta principios del siglo XIX, constituyéndose entonces en municipio independiente con Ayuntamiento propio perteneciente a la provincia de Cuenca.

En 1833, y como consecuencia de la división del territorio nacional en 49 provincias, parte de las tierras pertenecientes a la provincia de Cuenca son adscritas a la de Guadalajara, entre ellas Zaorejas, que queda incluida en la comarca de Molina.