El Convento de Santa Clara se levanta adosado a la actual fachada de los pies del templo del mismo nombre. (imagen 1)

Es una construcción del siglo XVI, siendo necesario derribar el muro del templo, donde parece ser se ubicaba la portada, levantado el coro enrejado para que las monjas pudieran asistir a los oficios religiosos. Su fachada es sencillísima, a base de mampostería y sillarejo. ( imagen 2 )

Fue en esa época cuando se trasladó la portada a su actual ubicación, a los pies de la fachada de la Epístola, teniendo que construir la actual escalinata para salvar el desnivel que presentaba el muro en este lado.

La puerta de acceso se abre junto al muro de la iglesia, y presenta forma de arco de medio punto formada por grandes y bien trabajadas dovelas. ( imagen 3 )

Por esta portada se accede al zaguán o amplia antesala que precede a la propiamente dicha entrada al recinto conventual, en la que abren dos puertas en medio punto en la esquina derecha. En este mismo lateral, junto a las escaleras de acceso a la planta superior, abre otra puerta arquitravada y el torno. Destaca la techumbre en madera sustentado por un pilar de piedra sillar situado en el centro del recinto ( imágenes 4 a 6 )

La techumbre es del tipo alfarje, con jacenas que apoyan en canes sencillamente decorados. Puede observarse como la pared de la izquierda se levanta en piedra sillar diferente al resto, ya que se corresponde con la de los pies del templo anexo. ( imágenes 7 a 10 )

En sus paredes hay colgados varios cuadros a base de composiciones cerámicas.

Tres de ellos representan motivos religiosos:

El primero de ellos la imágen de Santa Clara, titular del convento. ( imagen 11 )

El segundo presenta a la Inmaculada Concepción, y tiene a los pies la siguiente leyenda: “ ESTE CONVENTO / FUE FUNDADO BAJO EL PATROCINIO DE LA INMACULADA CONCEPCION / AVE MARIA PURISIMA ”. ( imagen 12 )

El tercero recuerda la fundación del convento, en una inscripción bajo la figura de San Francisco: “ FVNDO Y DOTO ESTE CONVENTO D. JVAN RVIZ / MALO Y SVS SOBRINOS D. PEDRO MALO DE HERE- / DIA Y D. MARTIN MALO DE MOLINA / AÑO 1531 ”. ( imagen 13 )

Por último, un cuarto tiene inscrito el escudo de armas de la familia Montesoro. ( imagén 14 )

Efectivamente, fue el caballero Don Juan Ruiz Malo quien promovió la fundación de una casa de franciscanas menores en Molina. Sus sobrinos Don Martín Malo y Don Pedro Malo de Heredia terminaron la obra con el beneplácito de Fray Lorenzo de Figueroa, obispo de Sigüenza, quien donó a la Comunidad la iglesia de Santa María de Pero Gómez, actual de Santa Clara.

Don Pedro Malo doto al convento de una renta anual de doscientos ducados.

El 7 de octubre de 1584 se procedió a la inauguración oficial del convento, con una pequeña comunidad de monjas clarisas llegadas desde el monasterio de Huete en Cuenca.

Esta comunidad de religiosas llegó a disponer de unas importantes rentas y propiedades en el Señorío molinés. Destaca el cobro de alcabalas de un buen número de localidades. En Molina eran las recaudadoras del impuesto sobre la carne y el vino.

Dado el potencial económico del convento, se exigía para entrar en el mismo una dote muy elevada, llegando a pagarse hasta ochocientos ducados en 1671 por parte de cada una de las nueve doncellas que profesaron ese año.